НИЦЕФ је посебан организациони сектор у оквиру Економског факултета Универзитета у Београду, те као такав има свога директора и организациону структуру. Пословима НИЦЕФ-а управља директор, а надзор врше Продекан за научно-истраживачки рад и Декан. Организациона структура НИЦЕФ-а је пројектно оријентисана, што га чини флексибилним и отвореним за различите врсте активности.
Организациона структура НИЦЕФ-a је приказана на слици 1.:
Слика 1. Организациона структура НИЦЕФ-a